Краснодарский центр по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды входит в состав и непосредственно подчиняется Северо-Кавказскому УГМС. Центр выполняет специальные функции (исполнительные, контрольные) в области гидрометеорологии и мониторинга окружающей среды на территории Краснодарского края и российской акватории Черного и Азовского морей, прилегающей к ней.